コンパイルができたのに上のエラーが出る場合は、LD_LIBRARY_PATHが正しく設定されていない可能性が高い。つまりは、コンパイル時のgcc,g++の環境と異なるために起きている。 gcc,g++をインストール際に出た以下の文を参考に export LD_LIBRARY_PATH="/home/…

tarコマンドでのディレクトリの圧縮(tar.gzを基本に記述) 圧縮： tar zcvf xxx.tar.gz xxx/ ※tar.bz2の場合、zcvf→jcvf, tar.xzの場合、zcvf→Jcvf 展開： tar zxvf xxx.tar.gz ※tar.bz2の場合、zxvf→jxvf, tar.xzの場合、zxvf→Jxvf 内容を見る：tar ztf xxx.…

LigParGenのバージョンエラーの解決のまとめ [エラー１] LBCC converter is activated1 molecule converted89 audit log messages Traceback (most recent call last): File "lLigParGen", line 11, in <module> load_entry_point('LigParGen==2.1', 'console_script</module>…

バックグラウンド並列が使えない状態で、異なる複数のシェルを実行する方法を紹介する。 以下の内容をシェルに記述して実行。 JOB_N=5#############################cat <<'EOF' > branch.sh#!/bin/bash if [ $1 -eq 1 ]; then sh job1.shelif [ $1 -eq 2 ];…

メモ tar zxvf fftw-3.3.8.tar.gz cd fftw-3.3.8 ./configure --prefix=/home/local --enable-float --enable-sse --enable-shared make make -j8 install cd .. rm -r gromacs-2019.4 tar zxvf gromacs-2019.4.tar.gz cd gromacs-2019.4 mkdir build cd bui…

ファイルを新たに作らず、pythonをシェルスクリプトで実行するためのメモ。 #!/bin/bash pscr=`cat << EOS for i in range(0,10): print("hello") EOS` python3 -c "$pscr" メモ２：最後の""が重要忘れずに。

前回出てきた数学記号divに関係する定理として「ガウスの（発散）定理」がある。 ガウスの定理を言葉でいうと「ある体積からの湧き出し量とその体積表面から出ていく量は等しい」というもの。この定理は言っていることは当たり前なことだが、この定理は、体…

流体力学において重要な式であるオイラーの連続式の導出についてのまとめ。 まず、オイラーの連続式を一言でいうと「質量保存の法則の式」であり、式で書くと次のように書ける。 div(ρv)=-∂ρ/∂t v=(v, u, w) 数学記号divの意味を知っていれば一発でわかる。…

パソコンのメモリが故障していないかチェックするためのメモリテストを行うためのメモ。 今回使うのは、memtest86 www.memtest86.com このサイトでDOWNLOAD をクリック。 ダウンロードしたファイルを展開して、 memtest86-usb.img をあることを確認、このイ…

2次元の回転行列は、以下の図より ２次元の回転 x軸、y軸それぞれに対応する単位ベクトルが上のように変換されることから、 となることがわかる。ここで、z軸を考えるとz座標は、回転に関係しないので、この２次元の話をそのまま適応すれば良い。よって、 と…

bashに限らず使える基本の形式として以下のものがある。 for 変数 in リスト do 実行文 done これは、リストの中身の個数回繰り返す。また、各回でリスト内のものを参照することができる。 例えば、 for i in a b c do echo $i done とすると結果は、 a b c …

UbuntuでCPU使用率は、デフォルトの機能で見れるが、CPU温度は見れないのでそれを見るためのソフトを紹介する。 [lm-sensors] インストール（Ubuntu）→ sudo apt install lm-sensors 初期設定 → sudo sensors-detect CPU温度を知りたい時、ターミナルで、「s…

最近、ubuntu20.04を使い始めて、数ヶ月たつのだが、起動時からbuff/catheがメモリの大半を占めてしてしまう（その大きさなんと最大14Gb!!!）上に、動作が鈍くなってしまう。あと、関係があるかはわからないがzoomを使用していたら、PCがフリーズすることも…

fatal error: Python.h: そのようなファイルやディレクトリはありません #include "Python.h" ^~~~~~~~~~ このようなエラーが出た場合は、 aptやzypperやyumコマンドで zypper install python3-devel sudo yum install python3-devel sudo apt install libpy…

キャッシュという機能がある。 キャッシュは、本来動作を速くしてくれる有難ものであるが、メモリを多く使うプログラムを実行する際にメモリを圧迫し、スワップを引き起こしたり、プログラムの強制終了を引き起こしたりする。それを防ぐ方法のメモ。 ページ…

fortranでファイルの行数を数える方法をメモ open(1, file = './test.txt', status = 'old') counter=0 do read(1,'()',end=999)counter = counter + 1end do 999 close(1) ここで、counterの最後の結果が、ファイルの行数。

fortranで連番ファイルを作る方法をよく忘れるのでメモ。 ＜シンプルな方法＞ character filename*30 do i =1,5 write(filename,'("test",i3.3,".txt")') i open(1,file=filename,status='replace')end do ファイル名は、 test001.txt 〜test005.txtのように…

sh_dispatch_run_fatal: Connection to XXX.XXX.XXX.XX port 22: message authentication code incorrect みたいなのが出て途中でscpが切れてしまうということが起きたが無事解決できたのでメモする。 解決法： -o ServerAliveInterval=1をオプションでつけ…

暇だったので、天秤を自作してみました。こんな感じ。 自作した天秤 作ってみよう！＜てんびんを作るための道具といろいろな材料＞ を参考にしてつくっているが、材料と一部の作成方法は我流。それくらい簡単にできた。 この天秤の精度を試すのに同じものを…

早いものでもう１０月、最近はコロナ渦で家で過ごす時間が多くなり、時間感覚が早い、、、。そして、この１０月は、密かに合格前予約という大学の新住居探しが行われ始めている月でもある。今回は、最近の情勢だからこそ重要になってくるインターネット付き…

今回読んだ本 東大教授が教える独学勉強法 柳川範之・著 草思社文庫 [どんな人におすすめ？] これからを独学しようと思うけど、まずやる気が出ないっていいう人にすごくおすすめです！ [本を読んで] 独学で学んでいて「もううんざり」って感じていたことは、…