LigParGenのバージョンエラーの解決

LigParGenのバージョンエラーの解決のまとめ

[エラー１]

LBCC converter is activated
1 molecule converted
89 audit log messages 
Traceback (most recent call last):
  File "lLigParGen", line 11, in <module>
    load_entry_point('LigParGen==2.1', 'console_scripts', 'LigParGen')()
  File "LigParGen/Converter.py", line 90, in main
    convert(**vars(args))
  File "LigParGen/Converter.py", line 143, in convert
    GenMolRep('%s.smi' % resname, optim, resname, charge)
  File "LigParGen/CreatZmat.py", line 51, in GenMolRep
    AsitIsZmat(ifile,optim,resid) 
  File "LigParGen/CreatZmat.py", line 32, in AsitIsZmat
    print_ZMAT(ATYPES, G_mol, mol_icords, COOS, '%s.z' % resid, resid)
  File "LigParGen/CreatZmat.py", line 183, in print_ZMAT
    Z_NO[i + 2] = G_mol.node[i]['atno']
AttributeError: 'DiGraph' object has no attribute 'node'

[エラ−１の解決]

File "LigParGen/CreatZmat.py"の

nodeをnodesに書き換える。

これを治すをまた同じエラーがでるので、同様に修正

[エラー２]

LBCC converter is activated
1 molecule converted
89 audit log messages 
MOLECULE HAS A CHARGE of 0
Traceback (most recent call last):
  File "LigParGen", line 11, in <module>
    load_entry_point('LigParGen==2.1', 'console_scripts', 'LigParGen')()
  File "/home/users/caj/.local/lib/python3.6/site-packages/LigParGen/Converter.py", line 90, in main
    convert(**vars(args))
  File "/home/users/caj/.local/lib/python3.6/site-packages/LigParGen/Converter.py", line 162, in convert
    mainBOSS2OPM(resname, clu)
  File "LigParGen/BOSS2OPENMM.py", line 259, in mainBOSS2OPM
    boss2opm(resid, mol, pdb_file)
  File "/home/users/caj/.local/lib/python3.6/site-packages/LigParGen/BOSS2OPENMM.py", line 234, in boss2opm
    bnd_df, connects = boss2opmBond(num2opls, molecule_data, st_no, xmlf)
  File "LigParGen/BOSS2OPENMM.py", line 129, in boss2opmBond
    (bnd_df.ix[i]['T1'], bnd_df.ix[i]['T2'], bnd_df.ix[i]['RIJ'], bnd_df.ix[i]['KIJ']))
  File "python3.6/site-packages/pandas/core/generic.py", line 5141, in __getattr__
    return object.__getattribute__(self, name)
AttributeError: 'DataFrame' object has no attribute 'ix'

[エラ−2の解決]

File "python3.6/site-packages/pandas/core/generic.py"の

ixをlocに書き換える。

[エラー３]

TypeError: concat() got an unexpected keyword argument 'join_axes'

[エラー３の解決]

/LigParGen/BOSS2OPENMM.pyの一部書き換え。

#final_df = pd.concat([dhd_df, at_df], axis=1, join_axes=[at_df.index])を
    at_df.index = dhd_df.index #by user 2022/6/16
    final_df = pd.concat([dhd_df, at_df], axis=1) #by user 2022/6/16

にする。

これを治すをまた同じエラーがでるので、同様に修正

結構量はあるが全部修正すれば動くはず。

また、ファイルの出力は/tmpディレクトリに行われる。

カレントディレクトリには何もファイルが出力されないが正常。